O Colégio Marillac foi fundado pelas Irmãs de Caridade em 1940, a partir de uma doação de terreno que se estendia da Rua Voluntários da Pátria até o Aeroporto Campo de Marte. A doação foi feita pela senhora Maria Francisca de Jesus e Silva à Paróquia de Sant’Anna que concedeu à Associação de São Vicente de Paulo o usufruto de bens imóveis e móveis, constando no Contrato de Constituição a data de 16 de dezembro de 1940, acolhido pela Irmã Antonieta Maria Bianchet. A Irmã Luiza, vinda do Recife, iniciou a missão educacional das Irmãs de Caridade em um cômodo nos fundos do terreno com uma sala de 1ª série primária, atendendo crianças carentes da comunidade como definido no Contrato de usufruto. A Cúria Metropolitana de São Paulo firmou, então, convênio com o Governo do Estado que enviava materiais e contratava professores. Assim, formou-se a Escola Isolada Externato Popular São Vicente de Paulo, vinculado à Escola Frontino Guimarães. O convênio perdurou até o ano de 1979.