Em 6 de junho de 1944, a Casa da Criança de Santo André foi oficialmente autorizada a funcionar sob o título de Externato São Carlos, por ser dirigido pelas Irmãs Missionárias de São Carlos Borromeo –
Scalabrinianas, cuja presença e atuação foram de fundamental importância para que as crianças atendidas (em sua maioria filhos de operarios e domésticas que necessitavam de uma creche) recebessem formação religiosa e acadêmica de alto nível de acordo com as respectivas faixas etárias.
No entanto, a comunidade preferiu que fosse mantida a denominação original e a Casa da Criança se manteve em funcionamento à Rua Padre Luiz Capra, 84, Vila Assunção. De acordo com os registros oficiais, as séries devidamente estruturadas iniciaram-se em 1957, com um total de 334 alunos divididos em 11 turmas de 1ª a 4ª séries.
De 1962 (já com o dobro de alunos) a 1971, a Casa da Criança de Santo André foi locada para o SESI, como Escola Particular Centro Educacional n° 134, tendo um corpo docente e administrativo composto pelas Irmãs Missionárias de São Carlos Borromeo Scalabrinianas e funcionárias do próprio SESI. Nesta época, o curso pré-escolar funcionava no mesmo estabelecimento sob orientação das Irmãs. Em 1972 a denominação passa a ser Casa da Criança São José e em 1974 fica autorizado oficialmente o funcionamento de 5ª a 8ª séries.
No ano de 1981 a escola recebe finalmente a denominação de Colégio São José que, organizado como instituição apolítica, tem como objetivos gerais proporcionar ao educando a formação necessária ao desenvolvimento de potencialidades para sua autorrealização; prepará-lo para o exercício consciente da cidadania e o prosseguimento do estudo; observar as determinações da Lei n° 9394 e demais disposições legais atinentes e aplicáveis, especialmente: